天馬 松風は、サッカーの歴史ある学校である雷門中学に入学したばかりです。彼はこのスポーツへの深い愛情から、すぐに学校のサッカーチームに登録しました。このチームは10年前に「Football Frontier International」での息を呑むようなパフォーマンスで伝説的な地位を得ました。世界中から最高のユースチームが集まる国際大会です。しかし、かつて栄光を誇った学校は長い間サッカーの熱気を失ってきました。
その衰退は主に「第五セクター」と呼ばれる影の組織が日本サッカーを支配していることに起因します。この秘密結社だけが試合の結果を決定し、チームに勝利または敗北を強制する命令を出します。彼らの冷酷な操作は国内クラブを打ち砕き、選手たちの情熱を侵食し、ゲームを単なる支配の道具に変えてしまいました。
天馬と新しい仲間たちは、この抑圧的なシステムを覆し、悪質な支配者に立ち向かうことを決意します。幸いにも彼らは一人で戦うわけではありません。「レジスタンス」と呼ばれる秘密組織が援助に備えています。インズマエレヴンゴの少年たちを応援し、サッカーへの愛を守る正義の戦いに立ち上がろう！
