ブルー・スティールと呼ばれる私掠船団の乗組員は、戦局を変える可能性のある振動弾頭魚雷（Vibration Warhead Torpedo）の設計図を米国へ届ける任務を継続している。しかし、敵である巨大なフォグ・フリートが『学生会議』という姿で新たな危険をもたらす。これらの戦艦集団は、まだブルー・スティールの風変わりな指揮官、軍蔵千早に会っていない最後のメンタル・モデル（船舶の人間型アバター）で構成されている。
ブルー・スティールが敵を支配する力の源を解明しようと近づく中、イオナの歴史が展開し始める。そこでは紛争がなぜ起きたのか、そして危険に直面したとき人類を支援する彼女の動機が明らかになる。
