Экипаж частного флота под названием Blue Steel продолжает выполнять свою задачу по доставке планов для торпедо с вибрационной боеголовкой — устройства, способного изменить баланс битвы — в Соединённые Штаты. Однако из их противника, огромного Fog Fleet, воплощённого в виде "The Student Council", появляется новая угроза. Этот коллектив военных кораблей состоит из последних Mental Models — человеческих аватаров судов, которые ещё не встретились с непредсказуемым командиром Blue Steel, Gunzou Chihaya.
Пока Blue Steel приближается к раскрытию источника силы, управляющей противником, история Ионы начинает разворачиваться, показывая причины начала конфликта и её мотив поддерживать человечество перед лицом опасности.
