2039年、気候変動の深刻な結果により海面が上昇し、広大な沿岸部が消失した。警告を人々に受け止めさせるため、最先端兵器を装備した強力な戦艦隊が登場し、あらゆる海軍勢力を圧倒した。『フォグ・フリート』と呼ばれるこの艦隊の各船は「メンタルモデル」を搭載しており、コアエンジンであるユニオン・コアを体現するヒューマノイドの人格だ。各モデルは個別の性格を示すが、全て『アドミラリティ・コード』という見えない命令に従い、人類の海上通行を阻止する海上封鎖を敷いている。
17年後、国立海事学院の卒業生である軍蔵千早はI‑401とそのメンタルモデル・イオナに出会う。イオナは不可解な理由で人類と同盟を結ぶ。この予期せぬ希望の灯火となった出来事により、軍蔵と仲間たちは『ブルースチール』という海賊団を結成し、危険な航海へと乗り出す。
