ガミラン人は最大の課題に直面する：彼らの世界は急速に崩壊している。人々を救い、住める領域へ移すために、アバード・デスラーはガルマンの暴君的政権に服従したふりをする。ガルマンは、ガミラン人とほぼ同一の種族が住む惑星だ。デスラーの本当の計画は、指揮を取って国の救出を急ぐことだ。しかし、ガミラン人が大移動を始めたとき、未知の巨大力が彼らに襲い、二重世界――クイーン・スタルシャの住まいであるイスカンダールを完全に歪めた。 同時に、地球は壮麗な宇宙戦艦ヤマトとその勇敢なる乗組員の勝利を喜ぶ。新たな才能ある志願者がヤマトに乗り込み、ユキ・モリとシロウ・サナダが指揮する二隻の補助船とともに入隊した。しかし、すべての人がキャプテン・コダイ・スズムの以前の選択を支持するわけではない。ヤマトの6か月間にわたる訓練航海とガミラン人との外交交渉を通じて、乗組員は最近の災害を知り、全指令に逆らってコダイは残された難民を援助するために艦隊をイスカンダールへと指示した。
