2199年。ヤマトは生存を確保するため、目標のイスクランドで「コズモリバースシステム」を取得した後、ラージ・マゼラン雲を離れようと出発しました。突然、広大な空間のラージ・マゼラン雲の外縁付近で謎めいた派閥に遭遇しました。乗組員はこの集団を「ガトランティス」と名付けられ、グタバ遠征指揮官が星空の下で自称「雷のゴラン・ダガーム」としていることを知りました。彼はヤマトを自分に引き渡すよう要求しました。地球へ迅速に帰還したいと願う船は、対決から逃げました。しかし「フレーム・ダイレクトアタックキャノン」と呼ばれる致命的なビーム兵器に撃たれ、空間を横断できるものです。ヤマトは撤退に成功しましたが、方向感覚を失い、不思議な色合いの不規則領域に入りました。乗組員はエンジンを停止し、奇妙な惑星を調査することにしました。データ収集のため、コダイ、キリュウ、サワムラ、ニイミ、アイハラがそこに上陸しました。到着時に目撃したのは、存在すべきでない船でした。ダガームはヤマトのワープ軌跡を追い、奇妙に色づいた空間にも到着しました。ヤマトが停泊した惑星は、実際にダガームがずっと安全のために探していたものでした。
