トルコのアルラート山脈の奥深くで、ARCAMという秘密組織が、多くの人々がノアの箱舟だと信じるものを発見した。しかし、米国マシンコープというパENTAGONの裏組織は、緊張が高まり世界的危機が迫る中で、この船を掌握し、全世界を支配しようとしている。状況はこれまでにないほど重要だ。唯一、スプリガンと呼ばれるエリートARCAMエージェントだけが彼らの計画を阻止している。日本人スプリガン・ユ・オミナエはフランス人スプリガン・ジャン＝ジャック・モンドと協力し、マシンコープの指揮官である遺伝子改造された若者マクドゥガル大佐に立ち向かう。彼らは迅速に行動し、マクドゥガルが今日アークを自分の陰謀に利用する前に止めなければならない。
