2014年のトラック衝突事故後、アキラ・ナツメは16年間の昏睡から覚醒し、自分が機械と融合していることに気付く。新しいインターフェースを学びながら、警察官の梅園南と彼女のアンドロイドパートナー・アルマが、彼の脳が「EX‑ARM」と呼ばれる大規模破壊兵器を内蔵した装置に収容されていることを示す。敵対的な密輸船上で、3人は創意工夫と戦闘スキルだけを頼りに脱出しなければならない。
最初は戦うことに消極的だったアキラは、事故前に兄から聞いた言葉を思い出す。その記憶が彼を行動へと駆り立て、アルマの身体を掌握し、格闘技で敵に対処する。アルマが彼を船のポートに接続すると、アキラはEX‑ARMの圧倒的な力を実感し、容易に船をハッキングして乗っ取る。
安全に陸地へ到着した後、アキラはEX‑ARM対策防止チームに出会う。この警察部門はこれらの兵器を無力化する任務を担っている。EX‑ARMを操ろうとする者たちが犯す残虐行為を目撃したアキラは、チームに加わりこれらの装置がもたらす恐怖を終わらせる決意を固める。
