サヴェージと呼ばれる異星生物の侵略に際し、人類唯一の防衛手段は「ハンドレッド」と呼ばれる兵器である。サヴェージの攻撃を生き延び、かつこの装置に最も適合する若者である岸原隼人は、戦艦上にあるエリート海軍学院「リトルガーデン」でその能力を磨くよう召集される。そこでは高度な訓練モジュールと歴史的戦闘シミュレーションが日々行われる。既に異星脅威によって形を変えた世界で、迫り来る戦いに備える厳しい準備を経て、彼は数名の女子クラスメイトにすぐに注目され、多くの出来事に巻き込まれながら、地球を徘徊する生物と戦い、その安全を危うくしている。
