После столкновения грузовика в 2014 году Акира Нацуме просыпается из шестнадцатилетнего комы и обнаруживает, что он сросся с машиной. Изучая новый интерфейс, полицейский Минами Уэзоно и её андроидный партнёр Альма показывают ему, что его мозг размещён внутри устройства под названием EX‑ARM — оружия массового уничтожения. На враждебном корабле контрабандистов трое вынуждены выжить, используя только свою изобретательность и боевые навыки.
Сначала неохотно вступая в бой, Акира вспоминает слова своего брата перед аварией. Это воспоминание побуждает его действовать, он берёт под контроль тело Альмы и применяет боевые искусства против врагов. Когда Альма подключает его к одному из портов корабля, он осознаёт разрушительную мощь своего EX‑ARM, легко взламывая и захватывая управление судном.
После безопасного прибытия на сушу Акира встречает Команду по предотвращению противодействия EX‑ARM, подразделение полиции, ответственное за нейтрализацию этих оружий. Свидев ужасы, совершённые теми, кто стремится использовать EX‑ARMs, он решает присоединиться к команде и положить конец терроризму, который причиняют эти устройства.
