ヒビキと彼のクルーは、第一段階の最終フェーズで地球の巨大戦艦を撃破したものの、メジェイルとタラフクを標的にする追加で五隻の戦艦を目撃した。NIRVANAクルーは、彼らの故郷であるタラフクとメジェイルが迫り来るカリトリ危機（収穫）に直面していることを知った。彼らは迫る危険を警告するために急いで帰路についた。途中、彼らと同行した若い女性ミスティは、地球からの恐ろしい知らせを届けた。それは彼らが最悪と考えていたものを超えるものであった。ヒビキと彼のチームは、太陽系全体で緊張が高まる中、本格的な戦いが迫っていることを悟った。外部の脅威だけでなく、内部の疑念とも向き合わなければならない。VANDREADは最終形態へと変容し、敵がますます凶暴化する。彼らは銀河が黙って見守る中、危うく命を懸けて故郷を救えるのだろうか？そしてヒビキとディタの関係はどのように進化するだろうか？
