Земляные ранее пышные долины и сапфировые моря превратились в бесплодную пустошу из‑за неумолимого обстрела планетарными бомбами, запущенными экспансионистской империей Гамилас. К 2199 году человечество убежало в подземные мегаполисы, чтобы укрыться от оставшегося радиационного загрязнения.
Однако надежда живет: удалённый мир Искандар предлагает окончательную спасительную миссию через свою Космо‑реверсную систему, способную исцелить облучённые территории Земли. В последней попытке обезопасить это устройство от Искандара, Земной оборонительный корпус выделяет все оставшиеся ресурсы на Ямато — передовое военное судно, оснащённое неисчерпаемым двигателем "Волнового движения".
От начинающего офицера Сусуму Кодай до опытного командира Джузо Окита экипаж Ямато состоит из людей с разным боевым опытом. Несмотря на эти различия, они объединены одной целью: завершить опасное путешествие длиной 168 000 световых лет до Искандара и спасти человечество от надвигающейся аннигиляции.