Внезапно однажды город исчез. Такуя, контрактный курьер и одиночный оперативник, встречает Юки — единственного выжившего после обрушения города. Они полагаются на записку от отца Юки, якобы пропавшего, и отправляются в путь к исчезнувшему городу, известному как Потерянный в ночи. Однако непредвиденные препятствия встречают их, и суровая правда глубоко шокирует Юки. Впереди лежат эмоции оставшихся, скрытая фракция, держащая куклы из тени, одновременно раскрывая скрытый заговор в глубоких слоях. Такуя и Юки, изначально не знавшие друг друга, укрепляют связь во время путешествия и раскрывают загадку, окружающую Потерянный город.
