10年前、邪悪な科学者ヘル博士は地下帝国という陰険な同盟を率いて、人類滅亡のためのキャンペーンを展開した。若き救世主カブト剛治は、伝説のメカマジンガZを操縦しながらこれらの勢力に立ち向かい、彼の勝利はヘル博士の陰謀を阻止し、世界平和を取り戻した。
今日、剛治はコックピットを離れ、自らの手で科学を追求し、父と祖父の遺産を讃えている。しかし、富士山下で突如発見されたものがさらに大きな脅威を解き放ち、剛治の運命を永遠に変えてしまう。世界の未来がかけられた今、剛治とマジンガZは正義と闇のどちらを選ぶか決断しなければならない。彼らの選択が、人類が迫り来る災厄を生き延びるか、すべての人々に新たな恐怖の時代をもたらすかを決定する。
