近未来の舞台で、人類はフォトンパワーを発見した後、新たなエネルギー革命へと踏み出す。富士山麓で採掘された鉱石から抽出されるこの資源は、その圧倒的な力で世界のエネルギー危機を解決する見込みだ。この資源を求めて、世界統治を渇望する暴君ドクター・ヘルが率いる副官、バロン・アシュラ、カウント・ブロッケン、ビスコンテ・ピグマンが集結する。彼らは古代ギリシャ遺跡から掘り起こされた機械化された獣の軍隊を動員し、フォトンパワー研究所を奪取する。彼らの攻撃に立ち向かうのは、熱血な若者カブト・コウジであり、彼は祖父マジンガーZが組み立てたフォトン駆動メカを操る。しかし、ドクター・ヘルとカブト一族の衝突の中で、ミケーネ時代やバルド島の数え切れない神話―そしてマジンガーZに隠された真実―は謎のまま覆い続けられる。先駆的メカ大作『マジンガーZ』に触発された全く新しいシリーズ、『シン・マジンガー 撃撃! Z編』は、全く新しいキャラクターで物語を最初から再構築し、オリジナルシリーズとは別のストーリーラインを提供する。
