アニメが展開する前に、ガラン大隊・キバ部隊・アイラ軍団という三つの勢力が、マシン島を絶対支配しようと争っている。島は実質的に孤立した刑務所として機能し、外界から切り離されている。島には莫大な資材備蓄があり、各勢力は無限のメカを生産できる。
世界行政機関は、島のコアリアクターが不安定化し、66時間後に爆発して地球上の全生命を絶滅させることを知る。これに対し、デス・キャプリーズ部隊が派遣され、傭兵のケン・カイドウとリョウ・マガミ、および彼らの巨大ロボット「マジンカイザー」が同行する。この動きは正しかったのか？ 彼らの任務は、対立する勢力が集結し、島を機械の戦場に変えようとするという危険に直面している。
