男性の姿に身を包んだ若き雪村千鶴は、静かな家庭を離れ、失踪した父――医師の光堂を探しに京都へと旅立つ。彼女はすぐに、落ち着きのない首都が危険であることを知る。街中で二人の浪人に襲われたが、彼女が反応する前に、白髪で紅い瞳の侍によって浪人は殺され、その後、幕府に仕える特別警察部隊・新撰組の三名がその侍を迅速に排除する。
この事件後、千鶴は新撰組に逮捕され尋問を受ける。彼らが探している人物こそが失踪した父であると知り、指揮官は彼女を保護下に置くことを許可し、父の居場所調査を続ける。副官・土方歳三を手伝いながら、千鶴は京都の混乱した政治と不気味な白髪侍が自分の運命とどれほど結びついているかを徐々に悟る。
彼女の道は新撰組自身の探求と交差し、光堂の失踪に直面しつつ京都の絡み合う政治を乗り越えなければならない。行動一つひとつが陰謀を深め、忠誠と裏切りは運命の影に溶け合う。
