明治十一年、日本は侍幕府が終焉し、刀の禁止により傷跡を残した。これらの改革に不満を抱いた多くの元侍が新政府に対して陰謀し、血潮の波を引き起こした。蜂起を鎮圧するため、当局は琵琶湖に巨大な刑務所を建設した。
天香久毛は非公式に警察の犯罪捜査を手助けし、また二人の弟妹――野心的な想丸と熱血な中太郎――とともに囚人を湖の刑務所へ運ぶ役割も担っている。元伏見忍者白須金城と共に、久毛兄弟は主に学問と修練に専念し、質素で喜びあふれる生活を送っている。
しかし、この穏やかな日常の裏で、オウミ市を覆う「大蛇」の呪いの影が忍び寄り始める。伝説によれば、三百年ごとに大蛇は人間の身体へ転生し、迫り来る災厄を告げるとされている。様々な派閥が大蛇の身体を求めて衝突し――呪いを封印する者もいれば、より暗黒な計画を追う者もいる――市は刃の先に揺れ動いている。
