月野うさぎと仲間たちは、平穏な暮らしを楽しんでいたが、運命は再び彼らをセーラームーンとして宇宙の守護者に召喚する。うさぎ、すなわちセーラームーンは、新たに宇宙の深淵から現れた脅威――異星種族「アン」と「アイル」の残骸二体に対して、彼らのクルセードを率いる。生命維持樹「マカイツリー」を守るため、これらの存在は無防備な人間からエネルギーを吸い取る。セーラームーンと仲間たちはこの計画を阻止しなければ、地球は滅びる。
しかし、一つの危機が消えると、また別の危機が現れる――未来から来た少女がセーラームーンの力を求めて彼女の仲間を救おうとする。彼女は一人ではない。ブラックムーンクランもそのエネルギーを悪用しようと企む。彼らの運命と宇宙のバランスを守るため、セーラームーンと仲間たちはこれらの敵に立ち向かい、勝利を防ぐ必要がある。
