10歳の木ノ下さくらは、友枝町で普通の4年生です。ある日、彼女は「クロウ」と呼ばれる謎めいたカードの巻物を見つけます。その発見に思いを馳せていると、偶然呪われた風を呼び出し、カードが町中に散らばってしまいます。この事故で封印の獣・ケロベロス（通称「ケロ」）が目覚め、さくらに自分が魔術師クロウ・リードによって鍛えられた伝説のクロウカードを解放したことを告げます。各カードは自律して巨大な力を持つため、クロウはそれらを封印しました。今や解放されたカードが世界を脅かし、さくらはそれらを止めなければならないのです。ケロは彼女に「カードキャプター」と名付け、封印の鍵を授けて、すべてのクロウカードを探し出して取り戻す使命を与えます。親友・大堂寺ともよと共に、ケロの指導の下でさくらは隠された任務と普通の学校生活を両立しながら、カードキャプターさくらとして魔法の冒険に挑みます。試練と勝利を通じて、彼女は勇気・友情・愛こそが明るい未来へと運命を掌握する真の鍵であることを学びます。
