アンドロメダの機械化された世界が破壊されても、マシン帝国は銀河を横断し続け、地球は戦場へと変わり、星々さえも永遠に続く戦いを見守るようだ。銀河エクスプレス999号の旅から帰還したテツロウ・ホシノは、反乱軍に加わり、人間性を保ち続ける者たちとともに戦う。
999号が地球へ戻った時、テツロウはかつての旅仲間マーテルから謎めいた録音メモを受け取り、再び列車に乗るよう促される。彼はメガロポリス駅へと闘い抜き、出発直前に乗り込む。しかし今回、テツロウは数々の謎に直面する。マーテルが不在で、ゴースト・トレインが現れ、999号の最終目的地は不明のままだ。すべての中で、テツロウは謎多き黒騎士ファウストと対峙し、やがてマシン帝国の最も暗い秘密を明らかにする。
