12年前、巨大な悪魔の狐が世界中に混乱をもたらした。隠れ雲村（木ノ葉隠れの里）に降臨した際、最も強力な忍者である火影は、自らの命を賭けてその獣を新生児に封印し、人類を絶滅から救ったが、同時に赤ん坊を孤立させることになった。彼の犠牲は数え切れない命を救ったが、赤ん坊は一人で残された。
数年後、うずまきナルトは仲間から軽蔑され、いじめられながらも村を精巧ないたずらと破壊で満たす。だが彼は一つの目標を追い続ける：火影になり、人生で虐げられてきた者たちの尊敬を得ること。彼は、天才的なうちはサスケと機知に富んだ春野サクラを含むチーム7に加入する。
冷静な旗手カカシ・ハタケの導きで、チーム7は危険な任務を次々とこなし、メンバーは違いを乗り越えて強く結束して成長する。ナルトはサスケに勝ち、サクラの愛を得るために競争する。しかし、三人が迫り来る危険と死に直面するとき、彼らの過去の闇が引き裂く恐れがある。
