第七代火影・ナルトの熱血な息子、うずまきボルトは、父と同じ大胆さと熱意を持つ才能ある忍者です。しかし、火影としての責務に没頭する父との距離が続くため、ボルトの熱意はやや抑えられます。ナルトが次期中忍試験で希望を抱く忍者たちを観察すると知ったボルトは、父の注目を得る決意を固めます。そのために、彼はナルトの幼少期からの仲間でありライバルでもあるうちはサスケに助けを求めます。中忍試験は問題なく進行しますが、木ノ葉隠れの里が突如として新たな脅威に包囲され、長らく守られてきた平穏が危うくなります。実際の危機に直面したナルトと仲間たちは、愛する故郷を守り、この世界を悩ませる脅威を討伐するために団結しなければなりません。この闘いの中で、ボルトは父がかつて経験した苦難を理解し、忍者とは何かという真の意味を悟ります。里の長老たちは長らくこのような危険を警告しており、若き忍者は新たな使命感を抱くようになります。ボルトの修行は激化し、父の技術を学びながら、伝説的な火影に倣うことを目指します。
