物語は、幼稚園から大学までを教育する有名な東京私立学校・聖栄学園で展開されます。南百合は、第二年目を迎える若い女性教師で、中学生の授業から長らく望んできた高校文法を教えるポジションへ昇進します。しかし、彼女の新しい配属先は「クラスX」として知られる3‑E学級です。この上級生グループは勉強習慣が欠如していることで悪名高く、前任教師は皆、潰瘍や神経衰弱で学校を去ってきました。南は「B6」（バカ・シックス）の六人のリーダーを含むこれらの学生に接触し、厳しい学園規律と自身の限られた経験にもかかわらず、彼らを高等教育へと動機づけ、成功へ導く必要があります。
