若き赤津正人は、政府の秘密プロジェクト「ラストガーディアン」に捕らえられる。彼は、平凡な学生生活が作り話であったことと、「天のゼオリマー」という巨大機械を操縦する運命にあることを知る。現実が彼を襲うのは、両親が育てた報酬として金銭を受け取る姿を目撃した瞬間だ。「ラストガーディアン」は、世界を支配しようとする派閥「ハウドラゴン」の復活を準備している。15年前、ハウドラゴンは自然の力を体現した8機の巨大ロボットを製造したが、配備前に創設者木原正樹が主機「ゼオリマー」以外を全て破壊した。彼はゼオリマーと胚を国家の手に渡し、胚は正人へと成長した。今日、ハウドラゴンは残りの7機を再組立て、最後の一機を求めている。ゼオリマーの運命は正人とヒムロに委ねられ、彼らはハウドラゴンに立ち向かわなければならないが、どちらも見た目のままではない。
