サイレンズと呼ばれる、当時の限界をはるかに超える兵器を持つ外国勢力が突如として現れたとき、人類はかつて分裂していたものの、前例のない団結で初めて一つになり、未知に劇的に立ち向かった。イーグル・ユニオン、ロイヤル・ネビー、サクラ帝国、アイアン・ブラッドが力を合わせてアズールレーンを創設し、共通の脅威に対して顕著な初期勝利を収めることで、近代戦争の進化の舞台を整えた。しかし、その極めて脆弱な連合は対立する原理から危機に直面し、パートナーシップを半分に分裂させた。サクラ帝国とアイアン・ブラッドは撤退し、レッド・アクシスを設立した。これにより、人類は再び真に分裂した。強靭なベテラン戦闘員「グレイ・ゴースト」エンタープライズは、アズールレーンの揺るぎない戦争終結への願望を抱き、絶え間なく戦い続ける。だが、その静かで落ち着いた外見の裏には、海を恐れる繊細な若い女性が潜んでいる。それでも彼女は戦闘を続けるのは、人生において唯一の深い意味だと考えているからだ。同時に、ジャベリン・ラフェイ・ユニコーン――同盟の三隻船は、影に潜むレッド・アクシスの潜入者「綾波」に出会う。奇妙なことに、彼らは彼女と友好を試みるが、敵としての努力は結局本当に無駄であり、希望を抱いても果たせない。とはいえ、彼らはいつか本当に勝利できると信じて着実に前進し続ける。人類の永遠で終わりなき闘争において、分裂した種族を団結させる鍵は存在するかもしれない：神秘的な性質を受け入れ、深く異なる理想を持つ者たちの間に友情を築き、分裂した世界全体に団結と希望をもたらす兵士。
