幼少期に母親を神秘的かつ突然に失った以来、葉山シンは心を閉ざしてきた。共通の悲しみと静かな支えから鍛えられた絆は、この混沌とした世界で唯一のアンカーとなる。研究に没頭する科学者の父を除けば、彼は幼少期からの仲間である泉琴里にしか頼らない。父親の雇い主に好かれ、愛想上手な娘である琴里は、彼にとって唯一の支えだ。高校三年生の卒業が近づくにつれ、シンと琴里はやっと一緒に前へ進み始める。人生も感情も同じ方向へ。
父親がまた突然死去すると、すべては再び崩れ落ちる。静寂が戻る前に、彼らは平行宇宙のハイテクディストピア日本から来たエージェントと出会い、親の突然の死の真相を知る。そこにジンというシンの「相対的自己」がいて、ヒューマノイド兵器ミコとニコに反抗する。相対的自己は絆を共有しているため、ジンには二つの目的がある。脆弱なシンを守り、両者の命を確保することと、相対的自己であるプリンセス・コトコ――彼の宿敵であり親を殺した者―の鉄壁の支配を破るために琴里を排除することだ。新たな現実に直面し、シンと琴里は互いへの感情を真剣に向き合わなければならない。たとえ彼らが知る世界が明日終わっても。
