Расположенный между Free!: Eternal Summer и Free!: Dive to the Future, Free!: Take Your Marks повествует о последнем лете выпускников через четыре разных сюжета, прежде чем они отправятся в будущее.
Unmei no Choice! (Destined Choice!) следует за Харукой Нанасе и Макото Тачибана, пока они ищут новую квартиру в Токио, а Харука адаптируется к городской жизни.
Hitou no Cooling Down! (Cooling Down at the Secret Hot Spring!) следует за Аиичиро Нитори, выбирающим выпускной подарок для Рин Мацуоки и Сусукэ Ямазакі, в то время как Момотаро Микошиба приобретает билеты на горячие источники Анага. Желая совместного выезда, Аиичиро и Момотаро приглашают Рин и Сусукэ.
Kessoku no Batafurai! (United Butterfly!) изображает Рей Рюгазаки, Наґиса Хазуки и Го Мацуоки, создающих видео для набора новых участников к следующему учебному году.
Tabidachi no Etanaru Buru! (Departing Eternal Blue!) исследует, как плавательные команды Иватоби и Самезука организуют сюрпризную прощальную вечеринку для Рин, которая скоро уезжает в Австралию.
