『Free!：永遠の夏』と『Free!：未来へダイブ』の間に位置する『Free!：マークを取れ』は、卒業生が将来へ踏み出す前に四つの異なる物語を通じて、最後の夏を描いている。
『運命のChoice!』（Destined Choice!）は、夏瀬遥と立花誠が東京で新居を探しながら、遥が都会生活に慣れていく様子を追う。
『秘湯のCooling Down!』（秘密の温泉でクールダウン！）は、二鳥愛一郎が松岡凛と山崎奏介の卒業プレゼントを選び、桃太郎三島芝がアナゴ温泉のチケットを確保する様子を描く。共に出かけたいと願う愛一郎と桃太郎は、凛と奏介を招待する。
『結束のバタフライ!』（United Butterfly！）は、龍崎玲、葉月渚、松岡剛が来年度の新入部員を募るためにリクルート動画を制作する姿を描く。
『旅立ちのエタナールブルー!』（Departing Eternal Blue！）は、岩戸比と三前塚の水泳部が、オーストラリアへ出発する間もなくなる凛のためにサプライズ別れパーティを企画する様子を探る。
