После того как Макото Наэги и остальные выжившие покинули Академию Hope's Peak и вышли в открытый мир, они быстро становятся членами Фонда Будущего — организации, посвящённой борьбе с отчаянием. Как только всё кажется улучшаться, Наэги арестовывают и обвиняют в измене за защиту враждебной группы Останков Отчаяния. Встречаясь с высшими чиновниками Фонда, он и его союзники Кёко Киригири и Аой Асахина сталкиваются с неопределённой судьбой.
Ситуация ухудшается, когда казавшаяся непроницаемой системой безопасности нарушает знакомый персонаж: Монокума. На разочарование Наэги, механический медведь немедленно объявляет новую охотничью игру, и через мгновение первая жертва становится, сигнализируя о беспрерывном возвращении отчаяния.
Теперь Сверхшкольный счастливый студент должен снова решить головоломку, пока друзья и товарищи по команде падают вокруг него. Однако классических испытаний нет; среди шестнадцати отчаявшихся участников существует только один убийца — и устранение этого человека завершает этот адский конкурс.
