マコト・ナエギと他の生存者たちがホープピークアカデミーを脱出し、外の世界へ逃げると、彼らはすぐに絶望と戦う組織である未来財団のメンバーとなる。すべてが改善しているように見えるとき、ナエギは絶望の残党を守ったとして反逆罪で逮捕・起訴される。未来財団のトップ幹部に直面し、彼と仲間の桐木 きょうこ・朝比奈 ひいなは不確かな運命に直面する。想定されていた突破不可能なセキュリティシステムが、見覚えのある人物モノクマに突破されると、状況はさらに悪化する。ナエギの失望に、機械的なクマはすぐに新たな殺人ゲームを宣言し、数瞬後に最初の犠牲者が明らかになり、絶望の容赦ない再来を示す。今、スーパー高校レベルの幸運な学生は、周囲の友人やチームメイトが倒れる中で再びパズルを解かなければならない。しかし、クラス試験はなく、16人の絶望的な参加者の中に唯一の殺人犯が存在し、その人物を排除することでこの地獄の競争は終わる。
