Кейта Амано, ученик начальной школы, такой же любознательный и добросердечный, как любой ребёнок его возраста. Однажды он отправляется дальше в лес, где привлекает внимание крошечная загадочная капсула. Изнутри неё выходит Шипер, спектральное существо, освобожденное после 190 лет заключения. Благодарный за доброту, которая освободила его, Шипер решает стать защитником Кейты от потусторонних угроз. Как одно из бесчисленных ёкай в этом мире, Шипер дарует Кейте особый Ёкай‑Вотч, позволяющий ему воспринимать и общаться со всеми остальными духами.
Ёкай‑Вотч повествует о приключениях Кейты, Шипера и кошачьего духа Джибаняна. Вместе они встречают ёкай, заводят с ними дружбу, устраняют хаос, который часто порождают, и — используя силу часов — черпают способности тех ёкай, с которыми они уже столкнулись, чтобы помочь себе. Хотя Кейта начинал как простой ученик начальной школы, когда впервые встретил ёкай, последующие приключения дарят ему бесценный опыт и жизненно важные уроки, формирующие его рост. Эти встречи учат его смелости, эмпатии и ценности дружбы, помогая ему ориентироваться в сложностях взросления.