Тридцать лет спустя после оригинальной серии Youkai Watch разворачивается легенда. Когда‑то был одиннадцатилетний Кэйта Амано, который обладал наручными часами, способными управлять Youkai. Он подружился с духами и совершал бесчисленные добрые дела. Однако по мере взросления его видение Youkai угасало, а сила часов начала угрожать нарушить гармонию между людьми и духами. В результате часы были брошены в забвение, за пределы времени и пространства, оставив лишь шепот о своем существовании. Десятилетия спустя возник злой вирус Youkai под названием Онимаро, заражая людей злобным намерением и превращая их в Каодека Они. Город погрузился в хаос. С приближением катастрофы только те, кого выберет новый Youkai Watch, могут столкнуться с угрозой и спасти оба мира от уничтожения.
