События разворачиваются после четвертого фильма; сериал сосредоточен на 11‑летнем Кейсуке Амано, младшем брате Наты (оба являются детьми Кэйта Амано и Фумики Кодама из оригинального аниме Youkai Watch), который не верит в сверхъестественные явления. Однако, когда он замечает, что сестра часто возвращается домой поздно, он начинает её следить и вскоре узнаёт, что она проводит экзорцизмы над злыми ёкай вместе с друзьями Тоума и Акинори, одновременно управляя детективным агентством Yo‑Kai. Как только ему раскрывается их скрытая работа, Ната соглашается сопровождать его в расследованиях преступлений ёкай и столкновениях с злыми духами, обеспечивая мир по всему городу. Сюжет разворачивается, когда они решают сложные дела, проверяющие их решимость и дружбу.
