Через двадцать лет мегаполис, когда-то известный просто как Токио, превратился в один из элитных высокотехнологичных центров мира и теперь называется Токио Сити. История следует за Кеном Канзаки, молодым детективом из отдела уголовных расследований Метрополитенской полиции и одним из его лучших стрелков. Однажды после полудня Кену поручено охранять гала-вечеринку, организованную глобальной плутократией корпорации Заизен.
Внезапно в праздник вспыхивают спектральные роботы, убивая главного командующего компании и оставляя Кена и Джуна — сына Заизен — тяжело раненых. Событие также травмирует двух видных гостей: звезду автогонок Рё Агури и борца Го Году. Ученые из Метрополитенской полиции проводят экстренные операции по спасению жизни трёх тяжело пострадавших мужчин.
Через несколько дней в плавающем районе Токийского залива появляется роботизированный синдикат, возглавляемый загадочной группой под названием Идо. Ни полиция, ни армия не располагают действенным контрмерой.
Тогда, облачившись в механизированную броню, Кен, Рё и Го появляются. Их превратили в кибернетических следователей благодаря предыдущим операциям, и теперь они называют себя Бронированные полицейские Металл Джекс. Переведя от джак-скинов к полным доспехам Джек, они уничтожают роботизированную фракцию и достигают решающего победы. Это знаменует начало столкновения высокотехнологичных преступников и Металл Джекс на фоне футуристического Токио Сити.