忍術学院の生徒たちは夏休みから戻ると、小松田の失策によりすべての生徒の季節課題が混乱していたことを知る。結果として、六年生向けに与えられた課題を受けたキサンタは、領主のフンドシを盗むためにオオマガトキ城に潜入しようとしたが、姿を消してしまった。シンベイとキリマルを含む救出隊が派遣されるものの、現在オオマガトキ城はタソガレドキ城と敵対しているため、作戦は危険を伴うことが予想される。
同時に、学院は戦争で苦しむ村から援助要請を受ける。ランタロウと残りの生徒・教官たちは、すべての人々に平和を取り戻すため、一緒に支援に向かう。
