第1シリーズ終了から7年後を舞台に、ガンダムビルドファイターズ・トライは聖鳴学院の唯一のガンプラバトル部員である中学3年生星野ふみなを中心に展開します。部長として、彼女は全日本ガンプラバトル選手権に出場するために2人のチームメイトを募集しなければなりません。ある日、彼女は転校生神木世界に出会います。彼は師匠と共に拳法を修行した放浪者です。すぐに、ガンプラデザイナーの草鹿優馬が加わり、3人は自分たちを証明し、部の遺産を復活させるために旅立ちます。彼らは激しいライバルと対峙し、複雑な戦闘戦略をマスターしなければなりません。
