記録史以前から、巨大なドラゴン・バハムートはミスタルシアに大破壊をもたらし、神々と悪魔が人間と共存する領域で混乱を引き起こした。完全な絶滅を防ぐため、対立する神々は結集し、バハムートを封印することに成功した。彼らは、獣が永遠に閉じ込められるように封印鍵を分割することに合意した。
バハムートの怒りから世界が守られた今、ファヴァロ・レオーネのようなハンターたちの生活は続いている。リラックスした自己中心的な生き方を好む不正直なファヴァロは、契約を追い求めながら、報復を誓う献身的なハンター・カイサール・リドファードを避けている。ファヴァロの平穏な日常は、領域の不安定なバランスを保つ鍵の半分を握る謎めいた人物アミラに出会った瞬間に崩れ去る。
『進撃のバハムート：ジェネシス』は、神と悪魔の間で繰り広げられる壮大な戦いに巻き込まれ、嵐の中で自らの運命を切り開くことを強いられる、あり得ないチャンピオンたちの物語である。
