ヨークニューシティでの任務を終えた後、レオリオ・パラディクナイトとクラピカは、血のように赤く輝く瞳を持つ少年の報告を調査するため出発した。彼らはその青年がクルタ一族に属していると疑い、クラピカ自身以外の第二の生存者を期待した。しかし、幼少期の仲間に似た人物による待ち伏せでクラピカは両方の虹彩を失ってしまう。レオリオは負傷者を治療し、ゴン・フリークスとキルア・ゾルディックを呼び寄せてクラピカの目を取り戻す手助けをする。彼らの追跡は、赤い瞳の特性で五年前にクルタ一族を虐殺した同じバンド、悪名高いファントム・トゥループの手に落ちる。『ハンター×ハンター：ファントム・ルージュ』は、三人組が失われた目を取り戻し泥棒を捕らえるミッションと、トゥループの歴史に迫る物語を描く。途中で彼らは全体のサガと結びついているような謎めいた少女に出会う。旅は地区を巡り、トゥループが都市の影に残した手掛かりを解明していく。彼らは赤い瞳が復讐に結びついた遺伝的マーカーであり、彼女が視力を回復させる可能性があることを知る。盗賊と対峙し、同盟が変わり、緊迫した決闘でクラピカの運命を決定する。
