コナンは、磁気爆発の激しい波に逃れた生存者が設立した避難所、レムナント島で唯一生まれた子どもだった。20年後、避難所に身を寄せていたほとんどの人々はすでに亡くなり、残ったのはコナンと彼を育てた賢明な老人だけだった。レムナント島が地球最後の砦だと確信していたコナンは、ある日孤独なビーチにラナという少女が漂着したとき、衝撃を受ける。人類の存続の可能性に喜びを感じながら、ラナはインダストリアが彼女を人質に取り、祖父であるラオ博士に同社のエンジンを操作させるよう迫っていると説明する。静かな夜、インダストリアの最高航空士モンスリーが現れラナを捕らえることで、彼らの会話は突然中断される。彼女を救う決意で、コナンはすぐにレムナント島を離れ、世代を越えて世界の運命を決定する旅に出る。
