これは『マシン英雄伝 ワタル』第1シーズンに続く物語です。ドアクダールを討った後、ワタルは地球で平和な暮らしを楽しんでいます。仲間の龍神丸と遊んでいる最中、後者が再び戦いを呼び寄せます。実はドアクダールの兄弟であるドアカダーが七星山を掌握し、そこから蒼海山の虹に力を与えていることが判明します。もし七つの峰すべてが光を失えば、虹は消え、闇が世界を永遠に覆い尽くします。したがってワタルは再び七星界を旅し、この強大な敵を倒さねばならないのです。虹が消えることで人類は永遠の闇に沈む危機に直面しており、事態は極めて重大です。