2066年、かつて国際連合の創設メンバーであったホントウォール共和国は、理由を明らかにせず組織から撤退した。
突然の撤退は国連内部に激怒を巻き起こし、隣接する諸国が同盟関係を再評価する中で世界の安全保障を緊張した境界へと押し上げた。
その直後、トリアド共和国の首都ミオリは「タートルキング」と呼ばれる鳥型城塞に包囲された。
国際科学組織（ISO）は、南部浩三博士が率いる下で、この謎めいた敵に対処する任務を負っている。
同時に、ISOのトップ科学者たちが行方不明になり、破壊工作や異星人の影響を懸念させる。
五人のガッチャマン戦士は、真相を解明し、行方不明になった研究者を捜索し、脅威を中和するために召集された。
このチームがベルグ・カッツと悪名高いガラクタ組織と戦ったのは何年も前だ。
過去の勝利は希望を与えるが、この新たな脅威はより大きく迫っている。
鷲のケンは、まだチームを率いてこの究極の悪に打ち勝つことができるだろうか？
