30年間と1年にわたり、JAM（ジャム）という名の異星人派閥が南極大陸上空にあるハイパースペースコリドーを通って現れ、征服を企図しながら地球を脅かしてきた。最初の攻撃は予想外だったものの、人類は団結してJAMを地球から退け、戦闘エリアを異星のフェアリーへと移した。地球上の大多数にとって戦争は遠いものに思えるが、フェアリーでは国連が5つの前線基地と強力なハイテク軍事力を維持し、フェアリー空軍（FAF）も含めて激しい戦闘が続いている。
リット・レイ・フカイ中尉はFAF特殊空軍のブーメラン偵察部隊でパイロットを務め、"ユキカゼ"と名付けられたスーパーサイフ戦闘機を指揮している。高高度から空中交戦を監視し、JAMの戦術に関する重要データを収集・解析している。彼の操縦技術は比類なきものだが、機体の最先端兵装とクワジ・セントリエントAIコアに大きく依存している。
孤高で一人立ちする性格ゆえにFAF仲間から疎まれることもあるが、フカイ中尉はユキカゼで任務を遂行し続けている。しかし、激しい交戦中に、自身と同一機種・同一型の無人敵機が現れ、彼を驚かせた。
