家族の古い倉庫を片付けているとき、三年生の高校生である草薙結衣は奇妙な刃を見つけ、それが彼女を瞬時に別の領域へと運んだ。未知の土地を進むうちに、彼女は五人の謎めいたが印象的な男性たちに出会い、やがて全神の支配者ゼウスと対峙する。人間と神々との崩れゆく絆を修復すべく、ゼウスは神の学院を設立し、結衣を唯一の教師に任命した。彼女は一年間、新たな神々――先ほど出会った五人を含む――に、人間として生きることの意味と自らが神性を探求する過程を教えなければならない。さもなくば、彼らは永遠にゼウスの領域に囚われることになる。彼らの運命は結衣の導きにかかっており、世界は今日その展開を息を呑んで見守る。
