21世紀末までに、人類はDGエネルギー（神の恵みエネルギー）と呼ばれる新しい発電源を発見し、地球の経済を変革し、宇宙植民地化への扉を開いた。しかし最初のミッションが冥王星に到達したとき、彼らは「ネルガル」と呼ばれる巨大な未知の有機体に奇襲を受けた。
これに対し、地球連合軍は世界中の考古学発掘で回収された「Gフレーム」と呼ばれる古代ロボット構造を再利用してAGユニットを開発した。ネルガルに対抗するためには、独自の属性を持つ少女たち――古代少女――だけがこれらの機械を操縦できる。初代AGユニットは木星トロイ戦役で壊滅的な損失を被り、ユニット04のパイロット・南谷麗優は戦闘中に行方不明となった。
数年後、彼女の妹・南谷麗香がAGユニットに加わり、失踪した兄を探し出し地球をネルガルから守ろうとする。友情、遺跡メカ、そして外敵との致命的な衝突が物語を彩る。ネルガルの力が増大する中、古代機械は生き残るためにアップグレードされなければならず、彼らの探求は危険に満ちている。
