神の守護を放棄したことで、新たな時代が生まれ、人類の生存者に再建の機会を与えた。かつて無限の力を持っていた神々は盾を引き下ろし、人類に闇の中へ一人で立ち向かうよう残した。太祭への奉仕を終えた後、三洲中学校のヒーロークラブのメンバーは普通の学生生活を送っている。しかし、この自由は犠牲の後に得られたものだった。
神代298年、黒木芽吹は次のヒーロー称号候補者の一人である。彼女はライバルを凌駕しようと努力するが、宮志カリンに敗れ、太祭への怒りを燃やす。彼女の心は恨みで燃え、太祭の不正と感じたことが決意を固める。2年後、彼女は境界の向こうに未知の土地を探査する任務を担うセントネルズを指揮する。彼らのミッションは予期せぬ危険により妨げられ、乗組員の安全が脅かされる。
彼女はヒーローであることを証明するため、絶望に直面しても全員を無事に戻すと誓う。艦隊の全メンバーは彼女のリーダーシップに頼っている。彼女の決意は希望を呼び起こす。