С момента окончания Четвёртой Великой Ниндзя-Войны прошло два года. Конохагакуре сохраняет состояние мира и гармонии — пока шестой Хокага Какаши Хатаке не осознает, что Луна опасно приближается к Земле, угрожая планетарному разрушению.
В этот критический кризис Коноха оказывается под угрозой нового опасного врага, Тонери Оосутсуки, который внезапно похищает младшую сестру Хината Хьюги — Ханаби. Какаши отправляет квалифицированную ниндзя‑команду, состоящую из Наруто Узумаки, Сакуры Харуну, Шикамару Нара, Са и Хината, чтобы вернуть Ханаби из зловещих лап Тонери. Однако в ходе их поисков группа сталкивается с многочисленными препятствиями, которые мешают им продвигаться вперёд.
С похищением Ханаби связи между товарищами напряжены, и когда мир приближается к уничтожению, они должны спешить против времени, чтобы защитить свою планету. Тем временем, в разгаре столкновения Наруто вынужден бороться ради цели, выходящей за пределы того, что он когда-либо представлял — любви. Их единство испытывается, но надежда остаётся, направляя их к будущему, где связи побеждают тьму и мир для всех поколений.