Год – 21XX. Реплоиды теперь повсеместны после того, как доктор Кейн обнаружил заброшенную лабораторию доктора Лайта и адаптировал несколько моделей из оригинального дизайна Лайта, известных как "Мегамен X". С тех пор X стал членом команды Маверик Хантерс, сотрудничая с командиром подразделения Зеро под руководством генерала Сигма. Их миссия – ликвидировать мятежных реплоидов, которые становятся агрессивными.
