長門有希ちゃんの消失

親しみと変化が同居する世界で、臆病な学者兼ゲーマーの長門有希は北高校文学部を会長として率いている。彼女の仲間には、極端に慎重な朝倉亮子と全く普通のキョンがいて、クラブの唯一の他メンバーだ。にもかかわらず、有希は彼らと共有する静寂と孤独を楽しんでいる。特にキョンの隣にいる時、彼女は密かに彼を崇拝している。サークルには、対照的な性格のツルヤと朝日奈ミクルという二人の友人も加わり、彼らは夜になると頻繁に文学部を訪れる。

12月のある夕暮れ、帰路に向かう有希はサンタクロースを追いかけると主張する少女に、奇妙なシグルを舗装路に刻むよう迫られた。その少女は、外星人・クロノナウト・サイキックを追求する名門光陽園学園の生徒、涼宮ハルヒと自己紹介した。ハルヒと彼女の相棒・小泉一樹が文学部室に突入し、正式な会員として自己紹介した。ハルヒは執行会長の役割を担い、彼らの到着は瞬く間にクラブの日常を変え、毎回の集まりに興奮と予測不可能性を注入した。

文学部の時代が終わった後、有希と仲間たちはハルヒに率いられた一連の冒険に巻き込まれ、各失敗は有希とキョンをかつてないほど近づけた。