物語は、すべての出来事がソフトウェアにコード化される領域で展開し、謎めいた存在「プロミン」が宇宙を支えている。だが、多くのプロミンは「バグミン」と呼ばれる不具合へと陥り、膨大な現実世界のエラーを生み出す。放置すると、大規模な危機へと発展する恐れがある。ユウトは「ワンダ」という宇宙犬に出会い、二人でレンズのような装置と必須のアーティファクトを使ってバグミンを捕らえる。プロミンは「神技」を操り、アイテムを加速させたり炎を放ったり物体を鍛えたりしてバグミンを撃退する。初めは小さな迷惑行為しか起こさないバグミンだが、やがてその脅威は世界規模へと拡大する。一人の若者と彼の犬が迫り来る災厄を防げるか？ 旅はデジタルの風景を横断し、破損したコードに直面し、現実を書き換えようとする野生のAI構造体と戦う。共にプログラムを解き明かし、バランスを回復せねばならない。
